Enfant du Nord, Jacques Bonnaffé se forme au Conservatoire de Lille. Il débute en 1980, sur scène et à l'écran. Il joue Gorki, Shakespeare, Corneille, Marivaux, Sophocle, et démarre la mise en scène en 1988 pour « Paris-Nord », puis « Lettres d'Abyssinie », « Passages » de Rimbaud, « Cafougnette et l'défilé », « Rien, la vie », « Tour de piste » et « 54x13 » d'après Jean-Bernard Pouy.

Au cinéma, Edouard Niermans l'initie (ANTHRACITE, 1980), Jean-Luc Godard le révèle (PRÉNOM CARMEN, 1983), il devient le jeune premier des auteurs avec ELLE A PASSÉ TANT D'HEURES SOUS LES SUNLIGHTS de Philippe Garrel (1985) ou LA TENTATION D'ISABELLE de Jacques Doillon (1985), et connaît le succès avec ESCALIER C de Jean-Charles Tacchella (1985).

Puis il rencontre René Féret (BAPTÊME, 1989, LA PLACE D'UN AUTRE, 1993, LES FRÈRES GRAVET, 1995) et Jacques Fansten (LA FRACTURE DU MYOCARDE, 1990, ROULEZ JEUNESSE !, 1993, C'EST POUR LA BONNE CAUSE, 1997).

Devenu un visage familier des écrans, Jacques Bonnaffé alterne petits budgets (LA CAMPAGNE DE CICÉRON de Jacques Davila, 1990) et grosses productions (LUCIE AUBRAC de Claude Berri, 1997, LE DEUXIÈME SOUFFLE d'Alain Corneau, 2007), premiers films (ITINÉRAIRES de Christophe Otzenberger, 2006, DERRIÈRE LES MURS de Julien Lacombe & Pascal Sid, 2011) et vétérans (VA SAVOIR et 36 VUES DU PIC SAINT-LOUP de Jacques Rivette, 2001-09, UN FIL À LA PATTE de Michel Deville, 2005).

Il accompagne Olivier Ducastel & Jacques Martineau (JEANNE ET LE GARÇON FORMIDABLE, 1998, CRUSTACÉS & COQUILLAGES, 2006), retrouve le Nord (FAUT-IL AIMER MATHILDE ? d'Edwin Baily, 1993, QUAND LA MER MONTE... avec Yolande Moreau, 2004), et défend les univers singuliers dans VÉNUS BEAUTÉ (INSTITUT) de Tonie Marshall (1999), LA REPENTIE de Laetitia Masson (2002), LES DIABLES de Christophe Ruggia (2002), LEMMING de Dominik Moll (2005), LES AMITIÉS MALÉFIQUES d'Emmanuel Bourdieu (2006), LA TOURNEUSE DE PAGES de Denis Dercourt (2006), CAPITAINE ACHAB de Philippe Ramos (2007) et LA FABRIQUE DES SENTIMENTS de Jean-Marc Moutout (2007).