Le projet de L'ARBRE ET LA FORÊT remonte alors que le tandem Ducastel-Martineau tourne son premier long métrage, JEANNE ET LE GARÇON FORMIDABLE en 1998. En 2001, le film trouve sa forme presque définitive avec la reconnaissance officielle par l'Etat français de la déportation homosexuelle, thème centrale du film. Pour Ducastel : « À partir de cette date là, la nécessité de mettre au jour son existence ne s'imposait plus. » Le narration fut réorientée de la révélation vers l'inavoué.

Le titre est en ce sens « presque programmatique », comme le fait remarquer Ducastel. Non seulement il fait écho à la locution « l'arbre qui cache la forêt », mais aussi il fait corps avec le récit. Pour le réalisateur : « C'est l'histoire d'un homme qui a planté un arbre lié à son secret. Et ensuite en a planté pour gagner sa vie. Le titre raconte ces deux lignes directrices du film. C'est-à-dire la vie quotidienne et le secret. » Après un drame familial, l'intime finit par ce diffuser dans le quotidien et provoquer une déflagration longtemps contenue - révélation qui vient briser un héritage. Martineau commente à cet égard le choix du métier de sylviculteur pour leur personnage principal : « Il plante des arbres que seules des générations suivantes verront à maturité. Cela s'inscrit dans une chaîne de transmission. Or, ici, la transmission est brisée. Le travail accompli depuis des générations s'effondre à cause de son secret trop tardivement révélé. »

Pour incarner ce père de famille taciturne et hermétique, Ducastel et Martineau ont choisi Guy Marchand. Pour Martineau : « Les comédiens choisissent les rôles en fonction de ce qu'ils sont, de leur parcours, de leurs parcours. Or, Guy, dans l'imaginaire cinématographique et aussi comme chanteur, est l'incarnation du macho. Ce qui est très loin de ce qu'il est dans la vie. C'est sans doute un peu cela aussi qui l'a attiré : travailler sur une facette de sa personnalité, qui est très vraie dans la vie mais peu connue au cinéma. »