Natif de l'Illinois, John Malkovich cofonde la troupe du Steppenwolf Theatre Company en 1976, qui enchante le public de Chicago, où il joue et met en scène Pinter, Steinbeck, Tennessee Williams et Sam Shepard. Après des succès théâtraux à New York, il apparaît dans des seconds rôles marquants, dans LES SAISONS DU CŒUR de Robert Benton (1984), LA DÉCHIRURE de Roland Joffé (1984) et EMPIRE DU SOLEIL de Steven Spielberg (1987).

Il sert aussi les grands auteurs, Miller dans MORT D'UN COMMIS-VOYAGEUR de Volker Schlöndorff (1985), Williams dans LA MÉNAGERIE DE VERRE de Paul Newman (1987), Paul Bowles dans UN THÉ AU SAHARA de Bernardo Bertolucci (1990), Steinbeck dans DES SOURIS ET DES HOMMES de son copain Gary Sinise (1992), James dans PORTRAIT DE FEMME de Jane Campion (1996), et il séduit le monde en Valmont des LIAISONS DANGEREUSES de Stephen Frears (1989), qu'il retrouve pour MARY REILLY (1996).

Polymorphe, John Malkovich alterne les blockbusters américains et les projets atypiques internationaux. Il s'amuse ainsi avec DANS LA LIGNE DE MIRE de Wolfgang Petersen (1993), LES AILES DE L'ENFER de Simon West (1997) et LA LÉGENDE DE BEOWULF de Robert Zemeckis (2007), et se fond dans PAR-DELÀ LES NUAGES d'Antonioni (1995), LE COUVENT (1995), JE RENTRE À LA MAISON (2001) et UN FILM PARLÉ (2003) de Manoel de Oliveira, LE TEMPS RETROUVÉ (1999) et KLIMT (2006) de Raoul Ruiz, et ET APRÈS de Gilles Bourdos (2008).

Il incarne Javert et Talleyrand dans des séries françaises, Charles VII dans JEANNE D'ARC de Luc Besson (1999), Murnau dans L'OMBRE DU VAMPIRE d'Elias Merhige (2000), un clown dans OMBRES ET BROUILLARD de Woody Allen (1991), un dingo dans APPELEZ-MOI KUBRICK de Brian Cook (2005), et se parodie avec DANS LA PEAU DE JOHN MALKOVICH de Spike Jonze (1999).

Après s'être installé dans le Vaucluse français pendant des années, John Malkovich regagne les Etats-Unis et brille à nouveau dans projets de premier plan, dont le drame rétro L'ÉCHANGE de Clint Eastwood (2008) avec Angelina Jolie, la farce déjantée BURN AFTER READING des frères Coen (2008) avec George Clooney, Brad Pitt et Tilda Swinton, la comédie MISTER SHOWMAN de Sean McGinly (2008), la fantaisie d'action RED de Robert Schwentke (2010) et le blockbuster fantastique TRANSFORMERS 3 de Michael Bay (2011). Il porte le drame sud-africain DISGRACE de Steve Jacobs (2008, photo).

Créatif, il réalise le court métrage HIDEOUS MEAN (2002) puis le dense DANCER UPSTAIRS (2002) avec Javier Bardem, et produit GHOST WORLD (2001) et ART SCHOOL CONFIDENTIAL (2006) de Terry Zwigoff, ROCHESTER LE DERNIER DES LIBERTINS de Laurence Dunmore (2004) et JUNO de Jason Reitman (2007).

Il met en scène aussi à Paris « Hysteria » de Terry Johnson avec Marie Gillain, Pierre Vaneck et Vincent Elbaz (2002) et « Good Canary » de Zach Helm avec Cristiana Reali et Elbaz (2007).