Michael Nyqvist se forme à l'Académie suédoise d'art dramatique et devient un acteur familier des planches.

Il débute sur les écrans dans le téléfilm KAMRATERNA (Bodil Mamsteln, 1982).

Premier film, l'épique JIM ET LES PIRATES (Hans Alfredson, 1987) avec Stellan Skarsgard.

Sa popularité s'accroit en Suède avec ses seconds rôles dans JERUSALEM (Bille August, 1996) et dans la série criminelle BECK (1997-98).

Le succès international de la truculente chronique chorale hippie TOGETHER (Lukas Moodysson, 2000) ajoute à sa renommée.

Il enchaîne les tournages de films méconnus à l'étranger, de THE GUY IN THE GRAVE NEXT DOOR (Kjell Sundvall, 2002) à LA RÉBELLION DE KAUTOKEINO (Nils Gaup, 2008).

Il tourne en Angleterre le thriller horrifique LONDON VOODOO de Robert Pratten (2004).

Explosion planétaire en journaliste d'investigation Mikael Blomkvist de la trilogie à suspense MILLÉNIUM (2009) d'après les best-sellers de Stieg Larsson :

Il mène avec Noomi Rapace LES HOMMES QUI N'AIMAIENT PAS LES FEMMES (Niels Arden Oplev), LA FILLE QUI RÊVAIT D'UN BIDON D'ESSENCE ET D'UNE ALLUMETTE et LA REINE DANS LE PALAIS DES COURANTS D'AIR (Daniel Alfredson).

Réclamé par les Etats-Unis, il affronte Taylor Lautner dans IDENTITÉ SECRÈTE (John Singleton, 2011) et Tom Cruise dans MISSION IMPOSSIBLE 4 (Brad Bird, 2011).