LA PIEL QUE HABITO marque les retrouvailles de Pedro Almodovar et Antonio Banderas, vingt ans après le dernier film qu'ils ont tourné ensemble : LE LABYRINTHE DES PASSIONS, sorti en 1991. Avant cela, le réalisateur espagnol avait dirigé l'acteur dans ATTACHE -MOI ! (1989), FEMMES AU BORD DE LA CRISE DE NERFS (1989), LA LOI DU DESIR (1988) et MATADOR (1987).

L'idée de départ du film est immédiatement entrée en résonance avec l'histoire du cinéma que connaît Almodovar : "Une telle histoire me faisait penser à Luis Buñuel, Alfred Hitchcock et à tous les Fritz Lang (de l'expressionnisme au film noir). J'ai songé aussi à l'esthétique pop des films d'horreur de la Hammer, ou aux films les plus psychédéliques et les plus kitsch du giallo italien (Dario Argento, Mario Bava, Umberto Lenzi...). Le lyrisme de Georges Franju dans LES YEUX SANS VISAGE m'est aussi venu à l'esprit."

Pourtant, le metteur en scène a décidé de prendre une voie inédite, selon ses propres dires : "Après avoir évalué toutes ces références, je me suis rendu compte qu'aucune d'elles ne correspondait à ce que je souhaitais pour LA PIEL QUE HABITO. J'ai donc décidé de suivre mon propre chemin et de me laisser porter par l'intuition ; au bout du compte, c'est ce que j'ai toujours fait. En m'affranchissant de l'ombre des maîtres du genre (pour la simple et bonne raison que j'ignore à quel genre appartient ce film) et en renonçant à mes propres souvenirs cinématographiques, une seule chose était claire pour moi : la narration devait être austère et sobre, dépourvue de rhétorique visuelle et en aucun cas gore, même si dans les ellipses, on imagine que beaucoup de sang est versé."