PRESUME COUPABLE s'inspire d'un fait-divers qui date de 2001, où l'on a accusé une vingtaine de personnes d'avoir formé un réseau pédophile ; accusations dont on a prouvé, par la suite, qu'elles étaient infondées, alors que les prévenus avaient été très lourdement conspués par les médias et l'opinion publique. "L'affaire d'Outreau" a, depuis, fait date dans l'histoire de la Justice. Sur le banc des accusés se trouvait Alain Marécaux, dont le long métrage retrace l'histoire, et qui explique aujourd'hui comment on peut analyser cette affaire : "Outreau est le mauvais cas d'école par excellence qui a démontré que toutes les règles fondamentales du droit ont été bafouées et inversées. En France, Outreau a montré que lorsqu'on est entraîné dans une affaire judiciaire, la présomption de culpabilité prime sur tout le reste. Je dirais même qu'avec Outreau, il n'y a même pas eu de présomption de culpabilité, mais d'emblée une culpabilité avérée."

Le film suit en particulier l'histoire d'Alain Marécaux, qui a fait une grève de la faim lorsqu'il s'est retrouvé plusieurs mois en réclusion criminelle et a perdu 50 kilos. Il a par la suite écrit un ouvrage sur le sujet : 'Chronique de mon erreur judiciaire : une victime de l'affaire d'Outreau', que le réalisateur du film, Vincent Gareng, a pris comme base pour son scénario : "Au fil de cette lecture, je n'ai jamais cessé de m'indigner, de pleurer, de décolérer, jamais je n'aurais pu imaginer qu'une telle histoire fût possible en France, et pourtant...Avant de lire ce précieux témoignage, je croyais connaître l'affaire d'Outreau, en réalité, je n'en savais rien."

Le réalisateur du film précise ses intentions : "PRESUME COUPABLE n'a pas l'ambition de traiter de l'affaire d'Outreau, mais a la volonté de faire réfléchir et de montrer comment, en France, un individu qui avait une vie rangée et qui ne demandait rien à personne a vu son existence basculer du jour au lendemain. Et comment il est passé d'un homme respecté et respectable à un violeur d'enfant."

Le producteur Christophe Rossignon a assuré à Alain Marécaux que celui-ci aurait un droit de regard sur le film et la possibilité, à tout moment, d'en interrompre le tournage s'il le désirait. Et c'est Philippe Torreton qui, en se rasant le crâne et en perdant 40 kilos pour le tournage, a prêté ses traits à la victime.